サブネットが複数ある場合、MACアドレスフィルタリングを有効にするサブネットを指定できる仕様でしょうか。

サブネットグループ設定を使用する事で可能です。サブネットを１つ以上束ねたサブネットグループを作成し、グループに対してMACアドレスフィルタを選択する事ができます。